Sebelum pembentukan Badan Narkotika Nasional Provinsi Maluku Utara, diawali dengan pembentukan Badan Narkotika Provinsi sebagai pelaksanaan dari Keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2002 tentang Badan Narkotika Nasional, dimana di tingkat daerah di bentuk Badan Narkotika Provinsi (BNP) mulai tahun 2003.Secara struktural, hubungan kerja antar BNNÂ dan BNP memiliki jalur komando yang tegas dan hanya bersifat koordinatif (kesamaan fungsional semata), maka BNN dinilai tidak dapat bekerja optimal dan tidak akan mampu menghadapi permasalahan narkoba yang terus meningkat dan makin serius.
Oleh karena itu,untuk meningkatkan penanganan permasalahan narkotika di Indonesia Pemerintah menerbitkan Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Propinsi (BNP) dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota (BNK), yang memiliki kewenangan operasional melalui kewenangan anggota-anggotanya yang berasal dari instansi terkait dalam satuan tugas. Bentuk pertanggung jawaban BNN adalah langsung kepada Presiden, sedangkan untuk BNP dan BNK/Kota kepada pimpinan daerah masing-masing, hal ini mengingat secara organisatoris antara BNN dengan BNP dan BNK/Kota tidak memiliki hubungan struktural-vertikal.
Badan Narkotika Provinsi (BNP) Maluku Utara dibentuk pada tahun 2005 yang diketuai oleh Wakil Gubernur Maluku Utara (Prof. Drs. Majid Abdullah) dengan Kepala Pelaksana Harian (Kalakhar) dijabat oleh Kepala Biro Bina Mitra (ex officio) Polda Maluku Utara, Komisaris Besar Polisi (Kombes Pol.) Abdul Ghofur dengan sekretariat melekat pada Kantor Badan Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat (Kesbang dan Linmas) Provinsi Maluku Utara. Selanjutnya tahun 2008, BNP Maluku Utara diketuai oleh Wakil Gubernur KH. Abdul Ghani Kasuba, Lc dan Kalakhar dijabat Kombes Pol. Koeshartono, sementara itu sekretariat pelaksana harian (Setlakhar) BNP masih melekat pada Badan Kesatuan Bangsa, Politik dan Perlindungan Masyarakat (Kesbangpol dan Linmas) Provinsi Maluku Utara.
Setelah sekian lama berjalannya upaya pemberantasan narkoba, ternyata implementasi UU Nomor 22 Tahun 1997 tentang Narkotika dan Perpres Nomor 83 Tahun 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Propinsi (BNP) dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota (BNK/Kota), dinilai kurang efektif. Akhirnya DPR bersama pemerintah merevisi undang-undang tersebut dan menggantinya dengan Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika. Undang-undang ini juga mengatur mengenai pembentukan kelembagaan dan kewenangan BNN di bidang penyelidikan serta penyidikan tindak pidana narkotika dan Preskursor Narkotika. Selain itu status kelembagaan BNN menjadi lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) dengan struktur vertikal ke provinsi dan kabupaten/kota. Di provinsi dibentuk BNN Provinsi dan di kabupaten/kota dibentuk BNN Kabupaten/Kota.
Dalam rangka implementasi UU Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika, Pemerintah mengeluarkan Peraturan Presiden Nomor 23 Tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional. Selanjutnya Kepala BNN menetapkan Peraturan Kepala BNN Nomor3 Tahun 2010tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional dan Peraturan Kepala BNN Nomor 4 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota sebagai dasar dalam melaksanakan tugas dan fungsinya sehari-hari.
Badan Narkotika Nasional (BNN) Provinsi Maluku Utara secara yuridis formal dibentuk pada 21 April 2011 sejak dilantiknya Kepala BNN Provinsi Maluku Utara, Komisaris Besar Polisi (Kombes Pol.) Ely Djamaludin, SH oleh Kepala BNN, Komisaris Jenderal Polisi (Komjen Pol.) Gories Mere di Jakarta. Sejak dilantiknya Kepala BNN Provinsi dimaksud, maka secara hukum dan faktual BNNP wajib menjalankan peran, tugas dan fungsi sebagai lembaga vertikal di daerah. Pada saat itu, BNNP Maluku Utara belum memiliki kantor yang representatif dan dana operasional kantor yang memadai, namun berdasarkan Perjanjian Kerjasama dan Nota Kesepahaman (MoU) antara Kepala BNN dengan Gubernur Maluku Utara, yaitu Nota Kesepahaman Antara Pemerintah Daerah Provinsi Maluku Utara dengan Badan Narkotika Nasional Nomor : 03/NKP/MU/2011 dan Nomor : SKP/60/IV/2011/BNN tanggal 20 April 2011 tentang Kerjasama Pelaksanaan Percepatan Pengembangan dan Pembangunan Kapasitas Badan Narkotika Nasional di Maluku Utara; dan Surat Perjanjian Kerjasama Pelaksanaan Percepatan Pengembangan dan Pembangunan Kapasitas Badan Narkotika Nasional di Daerah Antara Pemerintah Daerah Provinsi Maluku Utara dengan Badan Narkotika Nasional Nomor : 04/PKS/MU/2011 dan Nomor : SKB/61/IV/2011/BNN, tanggal 20 April 2011, dimana dalam kesepakatan tersebut diatur bahwa Gubernur Maluku Utara wajib menyediakan tanah/lahan untuk bangunan kantor BNNP, dukungan personil Pegawai Negeri Sipil (PNS) dengan status dipekerjakan selama 5 tahun dalam masa transisi pembentukan BNNP, dan dukungan dana operasional kantor selama 5 tahun.
Untuk menjalankan roda pelayanan masyarakat dan operasionalisasi kantor BNNP, Gubernur Maluku Utara memberikan beberapa ruang di Eks Kantor Gubernur Maluku Utara sebagai kantor sementara BNNP Maluku Utara dan ditambah dengan bantuan atau hibah meubeler kantor. Selanjutnya, memutasikan 10 (sepuluh) orang PNS berasal dari Badan Kesbangpol dan Linmas Provinsi Maluku Utara, Badan Kepegawaian Daerah (BKD) Provinsi Maluku Utara, dan Biro Umum Setda Provinsi Maluku Utara untuk bertugas di BNNP Maluku Utara dengan status dipekerjakan selama 5 tahun. Kemudian permintaan kami ke Walikota Ternate untuk memutasikan PNS Pemda Kota Ternate ke BNN Provinsi Maluku Utara dan disetujui Walikota dengan memutasikan 20 orang PNS dengan status dipekerjakan pada BNNP Maluku Utara selama 5 tahun.
Selanjutnya, menerima pegawai/tenaga harian lepas (THL) atau pegawai honorer, penambahan PNS melalui rekrutmen tingkat pusat yag dimutasikan ke BNNP Maluku Utara dan beberapa pegawai yang pindah/mutasi yang berasal dari beberapa kabupaten/kota dalam wilayah Provinsi Maluku Utara, serta penugasan beberapa personil Polri dari Polda Maluku Utara (3 personil), maka hingga saat ini PNS/anggota Polri sudah dapat melaksanakan tugas pokok dan fungsinya, walaupun kebutuhan pegawai pada waktu itu masih dibutuhkan, khususnya personil Polri.
Dalam rangka implementasi Undang-Undang Nomor 35Tahun 2009 tentang Narkotika, pemerintah mengeluarkan Peraturan Presiden Nomor 23 Tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional. Di internal BNN sendiri telah disahkan Peraturan Kepala BNN Nomor : Per/03/V/2010/BNN tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional dan Peraturan Kepala BNN Nomor : Per/04/V/2010/BNN tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota.
Mencermati perkembangan dan dinamika pelaksanaan tugas dan fungsi BNN, BNNP dan BNNK/Kota, serta tantangan tugas ke depan, maka BNN telah mengeluarkan Peraturan Kepala BNN Nomor 03 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota sebagai upaya merestrukturisasi organisasi guna menjawab tantangan tugas dan dinamika perkembangan programPencegahan dan Pemberantasan Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap Narkoba (P4GN).